下载客户端
全部案例
生信分析生信模式转录组学真实运行

差异表达基因的富集分析与通路解读

这是两组样本的 DESeq2 结果（deg.csv），请筛选 padj<0.05 且 |log2FC|>1 的基因，做 GO 与 KEGG 富集分析，画气泡图，并解释前 5 条通路的生物学意义。

智能体怎么做

  1. 筛选差异基因19,226 个基因中 padj 有值的 14,695 个，筛出 900 个差异基因（上调 567、下调 333）；富集背景用这 14,695 个实际检测到的基因，而不是全基因组。
  2. 富集分析gseapy 装不上，就改为下载 Enrichr 的 GO 2023 与 KEGG 2021 基因集，自己写超几何检验和 BH 校正，并用 Fisher 检验核对；全部、上调、下调三组分别做。
  3. 气泡图与前 5 条通路KEGG 前 5 为 Toll 样受体、NF-κB、脂质与动脉粥样硬化、细胞因子–受体、TNF 信号；它指出这是同一条炎症级联而不是 5 个独立发现，「动脉粥样硬化」只是通路名、不代表疾病相关。
  4. 主动质控没看数据说明，仅凭表达谱推断出「髓系细胞受到 LPS 类刺激」，与真实设定一致；还发现 8 个基因的 baseMean 与 lfcSE 完全相同，提示数值可能被人为改过，建议先核对原始文件。

运行截图

PaperOK科研助手中这次对话的实际界面。

差异表达基因的富集分析与通路解读 运行截图：先完成筛选和火山图；基因集下载太慢，就转到后台重下，完成后自动接着做富集
先完成筛选和火山图；基因集下载太慢，就转到后台重下，完成后自动接着做富集点击查看大图
差异表达基因的富集分析与通路解读 运行截图：在右侧打开上调 / 下调分组的 KEGG 气泡图，左侧列出本轮生成的全部文件
在右侧打开上调 / 下调分组的 KEGG 气泡图，左侧列出本轮生成的全部文件点击查看大图

运行结果

以下文件由智能体在应用中实际生成，未做修改。

差异表达基因的富集分析与通路解读：上调基因集中在 NF-κB、细胞因子–受体、TLR、TNF 等炎症通路；下调基因集中在细胞周期（53 个基因）、DNA 复制、PPAR 与甾醇合成
上调基因集中在 NF-κB、细胞因子–受体、TLR、TNF 等炎症通路；下调基因集中在细胞周期（53 个基因）、DNA 复制、PPAR 与甾醇合成 · 下载数据、代码与结果
差异表达基因的富集分析与通路解读：900 个差异基因的 KEGG 前 20：第一名 Toll 样受体通路，98 个基因中命中 65 个，padj 2.4×10⁻⁴¹
900 个差异基因的 KEGG 前 20：第一名 Toll 样受体通路，98 个基因中命中 65 个，padj 2.4×10⁻⁴¹
差异表达基因的富集分析与通路解读：GO 三个分类各取前 10：生物过程显著 459 条，第一名是细胞因子介导的信号通路
GO 三个分类各取前 10：生物过程显著 459 条，第一名是细胞因子介导的信号通路

把这个案例导入到软件里

这次运行的完整对话：打开后能看到每一步做了什么、打开生成的文件，还可以接着提问修改。

已经装好最新版 PaperOK科研助手：点「在软件中打开」，软件会自动下载并打开这个案例；也可以在软件左侧的「案例库」里找到它。点了没反应，就按下面的步骤手动导入：

  1. 安装 PaperOK科研助手需要 1.0.1 及以上版本，可以在下载页获取。
  2. 下载案例文件 paperok-case-deg-enrichment.zip（3.5 MB），下载后不用解压。
  3. 导入打开软件，在左侧栏「对话」标题右边点上传图标（导入对话），选择刚下载的 zip。
  4. 查看或继续导入完成后，这个案例会出现在对话列表最上方：展开「工作过程」看每一步，右侧文件区可以打开生成的文件，也可以直接在输入框里接着提要求。

为控制体积，超过 100 MB 的原始数据和运行环境（如 Python 虚拟环境）没有打包进去，需要重新运行时模型会自动下载或安装。对话里出现的本机路径已做匿名处理。